Die mexikanische Armee setzte im Januar 1994 bewaffnete Pilatus PC-7 gegen den zapatistischen Aufstand in Chiapas ein. Berichtet wurden auch Angriffe auf Zivilpersonen. Die Flugzeuge waren als Trainingsflugzeuge ausgeführt worden. Im Juni 2015 überflogen Pilatus PC-7 Proteste von Lehrpersonen in Oaxaca. Das SECO bestätigte anhand der Aufnahmen den Flugzeugtyp. Waffenexperten hielten die unter den Flügeln sichtbaren Gegenstände für mögliche 12,7-mm-Maschinengewehrbehälter oder Raketenbehälter. Am 30. Januar 1995 lehnte der Bundesrat die Ausfuhr von 48 Pilatus PC-9 nach Mexiko ab. Die vorgesehenen Flugzeuge sollten Aufhängepunkte für Waffen unter den Flügeln erhalten. Nach dem Einsatz mexikanischer PC-7 im Konflikt in Chiapas 1994 bestanden Zweifel, ob die neuen Maschinen ausschliesslich zur Ausbildung verwendet würden. Mexiko bestand auf der aufrüstbaren Ausführung. Das geplante Geschäft wurde mit rund 300 Millionen Franken beziffert und kam nicht zustande. Das SECO bewilligte nach eigener Auskunft 2007 erneut die Ausfuhr von Pilatus-Flugzeugen nach Mexiko. Für die PC-9 galt die Auflage, sie ausschliesslich zur Pilotenausbildung zu verwenden. Der Tages-Anzeiger nannte 2015 vier im Jahr 2007 gelieferte PC-9. Die Schweizer Luftfahrzeugregister-Chronik führt bereits für September 2006 zwei neue PC-9M für Mexiko auf, mit den Werknummern 669 und 670 und den Kennzeichen HB-HRI und HB-HRJ. Zahl und Datierung der Bewilligungen und Lieferungen lassen sich damit nicht abschliessend zuordnen. Der Bundesrat erklärte 1994 in seiner Antwort zur Motion 94.3072, er habe den bewaffneten PC-7-Einsatz in Chiapas gegenüber Mexiko missbilligt. Anders als in der Motion behauptet, seien die damaligen Käufe jedoch an keine Einsatzbedingungen gebunden gewesen; ein Vertragsverstoss lasse sich deshalb nicht vorwerfen. Die meisten PC-7-/PC-9-Ersatzteile waren damals, mit Ausnahmen wie Motoren, nicht ausfuhrbewilligungspflichtig. Ein ausserordentliches Verbot dieser Ersatzteillieferungen hielt der Bundesrat für unverhältnismässig. Diese Aussage betrifft die älteren PC-7 und hebt die Bedingungen späterer Geschäfte nicht auf.